邱祖居蟠溪六年，以苦炼性，习儒参道。以深厚的儒学功底，精研道学。一方面修炼丹功，一方面吟咏作诗，理论和实践结合，道学与文化的结合，为邱祖后来的成就奠定了深厚的基础。

邱祖因何由从蟠溪迁龙门，据推测有两种可能。一是马祖的有意安排。二是邱祖道龙门洞赴“重阳会”，到达之后爱上了龙门洞的胜景佳境，愿意留在那里。

从邱祖在龙门洞所写的诗看，既有命运安排的意思，又有自己乐意居住的愿望，如在《自亭川回路次望龙门山》诗中写道：“南望龙门一豁开，东迁鹤驭再头回。深知此域因缘重，未许他方道德该。”很有些命运安排的意思。再如《山居》诗中写道：“胜境无穷言不尽，临风时雇以挥毫。”又看出他对龙门山水有一种溢于言表的好感。

邱祖站在龙门山上，看涧底的龙门峡水激崖溅浪，涌凑呼号，他突发奇想：这龙门峡水不正是一条隔断红尘之路的鸿沟么！他说：“周流截断红尘路，婉转翻开白玉膏。”邱祖的意思并不是说龙门峡水可以与世隔绝，而是把龙门峡水比喻为体内之水，用这水去抑制无明业火及所有的凡情俗念，以达到水火既济的高层次丹功境界。初来龙门式邱祖一人独居，所以要亲自到林中取柴，邱祖说：“不怨深山自采樵，山中自有好清标。”虽然采樵是件辛苦事，但穿梭于茫茫林海之中，可领略大自然的无限风光，也是趣事。自1182年毕知常来龙门洞之后，这里并无庙宇和丹房，只能居住在天然石洞中，居住环境条件之简陋是可想而知的。但邱祖不以苦为苦，他把苦视为修行的捷径，他说：“幽居石室仙乡近，不假环墙世事遥。”

邱祖所居之洞即现在龙门道院中七真楼后面的石洞，洞口离地面有丈余，攀木梯可上。洞口高五尺，深二丈余，外大内小，右上一小洞可供一人打坐，是当年邱祖炼养之所。现洞口祀有邱真人坐像，后面有磨性石又叫炼丹石。遥想当年，进入此洞并不须木梯就可入内，因为洞外曾有巨石，状若人的手掌遮护洞口，人叫仙人掌。到清时，仙人掌石被人凿去，大煞风景，现在仅留下后人书写的“仙人掌”三字牌匾悬挂在七真楼前。

邱祖居龙门。衣食住行依然和居蟠溪时一样的清苦，只是不再去乞食罢了。因龙门洞周围少有人家，化缘时困难的，据分析，马祖在龙门创立“重阳会”时，已有不少信教群众，邱祖既居龙门，信众门经常自愿的拿些粮食或生活用品送到洞上，首先解决了吃得问题。邱祖在《山居》诗中写到：“饮食高呼天外鹤，摩云仰看峡中雕。”显而易见，已不是乞食景象。